SSL/SSHによってクライアント/サーバ間で通信されるデータは保護されますが、 データベースに保存されたデータは保護されません。SSLはあくまで通信上の プロトコルなのです。
一旦アタッカーがデータベースへ(ウェブサーバを通さずに)アクセスできてしまうと、 そこに格納されているデータ自体が暗号化されていない限り、自由に閲覧され、 使用されてしまいます。データを暗号化することによって、この脅威を減らすことが できますが、この機能をサポートしているデータベースは僅かです。
この問題への最も簡単な対応策は、まず自分専用の暗号化パッケージを作成し、 それをあなたのPHPスクリプトから使用することです。PHPのMcrypt, Mhash といった幾つかの拡張モジュールは、様々な暗号化アルゴリズムをサポート しているので役に立つでしょう。データ格納時に暗号化を行い、取得時に 復号化します。この方法についてはリファレンスを参照してください。
もし完全にデータを隠したい場合や、元のデータ自体は必要ない場合(つまり 表示されない場合)は、ハッシュも考慮に入れたほうが良いでしょう。 ハッシュの良く知られた使用方法は、パスワードをそのまま格納せずに、 そのMD5ハッシュ値を格納する方法です。crypt()や md5()も参照してください。